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デフレが続いています（政府とか諸々はどんな見解なのかはわからないけど）。
デフレというのは市場に出回るお金の量が減り、物価が下がることだと思うんですが、じゃあお金って減ってるの？だとしたらどうやって？というのが疑問だったわけです。
お金は一度発行されたら消えるわけじゃないし。誰かが一生懸命お札を食ってるからデフレになったわけじゃないよね。
で、「お金が減る」ってのにこだわるからわからなくなったわけで、実際のお金が減ってるのではなくて、借金とかそういうのも含めて「出回る」お金が減ったってことなんですよね、多分。
今は企業があまり借金をしなくなっているらしい（ソース忘れた）。今借金をするのは損（デフレでも元本の額は下がってくれないから。インフレなら元本の額は変わらないけど相対的に安くなるから）だからです。
つまり不良債権処理とかなんとかで銀行は企業から借金を取り立て、さらに企業の側も今のタイミングで借金をしてまで設備投資をしない。
企業の借金とは何か？消費者の貯金です。つまり今は貯金が市場に回っていない。というのがつまり（市場に出回る）お金の減った理由です。

以上を数字で考えてみます。−が借金で＋がお金の出回っている量。
・企業が借金をしている状態
企業−１０　消費者＋２０　（政府−１０）
・企業が借金をしていない状態
企業±０　　消費者＋１０　（政府−１０）
注：数字は適当
つまり企業が借金をしていない場合、市場に出回っているお金は少なくなります。カッコつきで政府を書いたのは、政府が借金をすることによっても市場に出回るお金が変わる可能性を示すものです。

というわけでなくなったお金は企業に行っているのです。多分。

以上は僕の勝手な考察ですが下記リンク先にもっと詳しいことが書いてあると思います。
http://www.adpweb.com/eco/eco324.html

普通の国なら、政府（一般政府）の貯蓄がプラスかマイナス（マイナスの国が多い。これを国債・地方債を発行して埋めている）、家計の貯蓄がプラス、そして企業（非金融法人企業）の貯蓄がマイナスというのが通常である。つまり貯蓄余剰の家計の資金を、銀行などの金融機関を介して、資金の必要な企業や政府に回しているのが普通の国の経済である。日本もずっと家計の大きな貯蓄が企業と政府のファイナンスに使われてきた。ところが今日の日本では、企業は設備投資を抑え、借入金を返済している。反対に、家計は貯蓄ができなくなっているどころか、貯蓄を取崩したり借金を増やしている。